2014: les Max et Liz du futur tentent d'échapper à des skins. Ils s'enferment dans la salle du Granilith. Max fait ses adieux à Liz et utilise la roche pour revenir sur Terre en 2000. Il prévient Liz d'une catastrophe future qui arrivera s'ils s'unissent pour toujours. En clair, il lui fait comprendre qu'elle doit tout faire pour qu'il l'oublie à jamais et qu'il se rapproche de Tess. Car le fait est que Tess est indispensable au bon équilibre du trio aliens. Liz tente à deux reprises de faire comprendre à Max qu'elle veut simplement qu'ils restent bons amis mais il ne peut se résoudre à la quitter définitivement. Après ces deux tentatives sans succès, et sous la pression du Max du futur, Liz fait appel à Kyle pour que Max les surprennent tous les deux au lit. La stratagème fonctionne mais Liz sait déjà qu'il ne sera pas sans conséquences. Le Max du futur accorde une danse à Liz avant de disparaître pour toujours. Parallèlement, Maria découvre que Michael la trompe avec Courtenez mais peu après, Michael découvre que Courteney est une skin.

La bande découvre que quelqu'un a maquillé la mort de Withaker en regardant un reportage à la TV sur sa prétendue disparition dans un accident de voiture. Durant la fouille de son bureau, à la recherche d'indices, ils trouvent une lettre de l'Universal Friendship League (UFL) de Copper Summit en Arizona. Il est dit que si l'UFL ne reçoit pas de réponse de Withaker, elle résilera son adhésion. Max décide que certains d'entre eux devront aller à Copper Summit, pendant que Michael et Maria resteront à Roswell pour en savoir plus sur Courteney. Sur place, la bande est reçue par la famille de Withaker. Isabel fait la connaissance de l'intriguant jeune frère de Withaker. Max est furieux de la trahison de Liz et laisse manifester sa colère. A la cérémonie funéraire, Max, Tess et Liz se font prendre par les habitants qui se révèlent être des skins. Pour sauver Isabel, Courteney détruit les enveloppes corporelles de remplacement des skins. La bande parvient à s'enfuir.

Dépourvus de leur enveloppe corporelle, ce qui limite désormais leur vie sur Terre, les skins de Copper Summit décident de se vznger en isolant Max, Isabel, Michael et Tess dans la ville de Roswell et en faisant disparaître momentanément tous les autres habitants. Sortis un moment de la ville, Maria, Liz, Kyle et le shérif sont épargnés et viennent prêter main-forte aux quatres aliens. Isabel et Tess interroge Courteney pour obtenir davantage de renseignements sur Nicholas mais les derniers humains encore présents dans la ville commençent à disparaître les uns après les autres. Courteney se fait enlever par Nicholas qui tente de lui voler ses souvenirs afin de découvrir oû se trouve le Granilith qui lui permettrait de retourner sur sa planète. Courteney se suicide avant qu'il n'ait découvert le lieu. Au lycée, la bande affronte Nicholas et ses acolytes, Tess déchaîne sa colère et désintègre les skins à l'aide de puissantes boules de feu. Tous les humains sont alors réintégrés dans la ville.

New York. Zan, Rith, Lonnie et Ava, les doubles de Max, Michael, Isabel et Tess parlent du sommet extraterrestre censé se dérouler dans quelques jours. Lonnie et Rath tuent Zan qui refuse d'y aller. N'ayant d'autre alternative que d'envoyer le roi au sommet, les trois aliens se rendent à Roswell pour remplacer Zan par Max. Brody commence à s'attacher à Maria et laisse même penser qu'il est amoureux d'elle. De son côté, Liz tente maladroitement de renouer des liens avec Max, mais ce dernier reste indifférent. Malgré la diplomatie à laquelle font preuve Rath et Lonnie pour persuader Max, la tentative échoue. Les deux aliens décident alors de se faire passer pour Isabel et Michael pour engendrer une violente dispute entre Max et Isabel. Déçu par le comportement de sa soeur, Max décide de suivre les doubles. Ne voulant pas assister à un meurtre de plus, Ava refuse de les suivre et reste à Roswell.

Max et Tess arrivent à New York avec Lonnie et Rath. Les doubles emmènent Max et Tess dans leur squat oû Lonnie révèle à Max qu'il devra passer un test qui prouvera qu'il est le véritable souverain. Liz accueille Ava chez elle et se prend d'amitié pour elle. Le test réussi, Max se présente au sommet mais finit par refuser le pacte qui lui est proposé à savoir son retour sur sa planète et la passation de tous ses pouvoirs à son enemi numéro un: Kivhar, le petit ami de Lonnie. Furieux de cette trahison, Lonnie et Rath tentent de supprimer Max mais l'apparition fictive de Liz dans les rues de New York le sauve de justesse. A son retour à Roswell, Max remercie Liz et accepte de renouer des rapports amicaux avec elle. Malgré tout, Liz souffre de ne pas avoir eu le courage de lui révéler son secret.

Max et Michael assistent en direct à un accident qui coûte la vie à un père de famille qui tentait de sauver sa petite fille. Confus par ce qui vient de se passer, Max prnd pourtant la décision de ne pas sauver l'homme. Ainsi, le fantôme de John vient hanter Max dans chacun des ses déplacements. Pendant ce temps, Isabel s'implique au maximum dans diverses activités de Noël dont notamment la grande parade de la ville. Elle en profite pour conseiller Michael qui ne sait pas quoi offrir comme cadeau à Maria. Chey les Valenti, Tess bouge le père et le fils pour leur organiser un véritable dîner de Noël. Elle en profite même pour inviter Amy DeLuca. Maria découvre que Brofy a une petite fille atteinte d'un cancer et culpabilise. Max pense pouvoir se racheter en lui sauvant la vie. Il se rend ainsi à l'hôpital avec Michael et guérit tous les enfants malades. John apprécie le geste et cesse de la harceler. Tout le monde est présent pendant la messe de minuit et porte une bougie. Assis à côté de Maria, Michael lui prend la main. Et Max fait de même avec Liz!

Pendant qu'elle s'introduit dans les rêves de Kyle, Isabel reçoit des visions troublantes d'une jeune fille se faisant enlever par un homme. Sentant que ce qu'elle a vu est réel, Isabel se confie au shérif Valenti qui accepte de l'aider bien qu'étant un peu sceptique. Sean DeLuca, le cousin de Maria, arrive en ville et retient l'attentin de Liz qui aimerait ne plus penser à Max et profiter un peu de la vie. Dan Lutbekin, un vieil ami de l'école de police, vient rendre visite à Valenti pour en savoir un peu plus sur la mort d'Everett Hubble. Or le comportement bizarre du shérif et la présence de Max à ses côtés le rend suspicieux, d'autant qu'à chaque fois, Valenti disparaît subitement après chaque coup de fil d'Isabel. Celle-ci finit par avoir une vision précise de l'endroit oû se trouve la jeune fille kidnappée. Max, Isa et le shérif se rendent sur les lieux et libèrent Laurie qui était enterrée vivante. Au contact de la main de Laurie, Isabel a une vision un peu surréelle qui lui donne le sentiment d'avoir déjà vu cette fille auparavant.

Valenti, Max et Isabel sont interrogés à tour de rôle sur l'incident avec Laurie Dupree. Comme leurs versions ne concordent pas, le juge Lewis suspend le shérif de ses fonctions et le contraint à faire équipe avec Suzanne Duff, un agent du FBI, qui enquête sur le kidnapping. Laurie sort du coma et s'échappe de l'hôpital. Elle se réfugie chez le shérif mais au contact de Michael, elle devient folle, s'enfuit une nouvelle fois et se confie à l'agent Duff qui prend alors les dispositions pour faire licencier le shérif. Kyle prend la nouvelle très mal et rend responsable Max et sa bande. Il leur laisse toutefois un cristal bleu récupéré dans le bureau de son père. A l'aide d'un microscope, Max et Isabel découvrent que la substance est en fait un prganisme vivant. Michael et Isabel pénèrtrent dans l'hôpital psychiatrique oû était enfermé Laurie et trouvent, dans ses affaires personnelles, une photo d'un individu ressemblant exactement à Michael avec l'inscription: "Grand-père, en 1935".

Michael et Maria se mettent à la recherche de Laurie et la sauvent de justesse d'une fusillade. Pour l'aider à en savoir plus sur la photo le représentant, elle accepte de coopérer et de montrer la maison de son grand-père à Maria et Michael à Tucson en Arizona. Arrivée sur place, la band découvre que le grand-pèreest décédé et que c'est l'oncle et la tante de Lauriequi ont récupéré la demeure. Valenti prévient l'agent Duff du comportement troublant de Grant Sorenson, qui semble avoir une double personnalité et pourrait être concerné par l'enlèvement de Laurie. Entre temps, Amy s'inquiète de la disparition de sa fille et envoie Sean chercher Liz pour qu'ele lui dise toute la vérité sur cette fuite. Liz et Max analysent les cristaux bleus en utilisant le matériel ultra perfectionné de Brody et découvrent que c'est une sorte de parasite qui a besoin d'eau pour survivre. Isabel établit un contact avec Larek à travers Brody qui lui révèle que la substance est du gandarium, que la terre est contaminée et qu'ils doivent la quitter sans tarder. Larek quitte ausitôt le corps de Brody.

Maria et Michael découvrent les véritables intentions des Dupree qui souhaitent rendre Laurie folle pour récupérer sa fortune et la sublime villa de son grand-père qui devait lui revenir. Michael se rend compte que Laurie et son grand-père ont la déficience génétique dont les gandariens ont besoin pour survivre. Pendant ce temps, le shérif Valenti et l'agent Duff arrêtent Grant Sorenson qui ne peut expliquer la paire de gant trouvée dans sa voiture et les égratignures sur son cou, mais il parvient à s'échapper. Au Crashdown, Max, Liz, Tess et Isabel apprennent que les gandariens sont une forme de vie génétiquement modifiée dont le but est de créer des hybrides et d'infecter les humains ayant une déficience qu'ils peuvent utiliser comme Laurie. A Frazier Woods, la bande découvre une grotte contenant la ruche. Al'UFO Center, Isabel est kidnappée par Grant et s'aperçoit qu'il a été infecté par les gandariens et que la reine doit être dans son corps. Grant sr end à la villa et tente d'éliminer Laurie qui est sauvée de justesse par l'agent Duff et le shérif. La reine des gandariens sort du corps de Grant et Michael la tue en privant la pièce d'oxygène. L'agent Duff fait réintégrer le shérif Valenti et Michael fait ses adieux à Laurie, désormais en sécurité.

Pour profiter de l'argent des Dupree et prendre quelques jours de vacances, Michael décide de partir avec Max à Las Vegas. Mais pour établir une stratégie de couverture lors de leur absence, Max est contraint d'en parler à sa soeur et de fil en aiguille toute la bande se retrouve au courant et part ensemble. Arrivé sur place, Michael utilise ses pouvoirs pour midifier toutes les cartes d'identités de la bande et leur donne tous 21 ans. Dotés de leur nouvelle identité, ils se dirigent tous vers les tables de jeu pendant que Maria part se faire un massage. Liz et Tess ne passent pas la sécurité et sont contraintes de rester dans la salle des jeux vidéos. Alex accompagne Maria à une audition qui s'avère être une escroquerie. Isabel fait la demoiselle d'honneur pour un couple de jeune mariés et se laisse séduire par l'un de ses amis. Max et Michael se font arrêter par la police suite à une tricherie de Michael au jeu de dés, et une violente dispute éclate entre eux. Max décide de quitter Las Vegas mais une vision de lui et Liz en couple de jeune mariés le fait revenir sur sa décision. Tous se termine bien autour d'un dîner pour lequel Maria monte sur scène et chante une langoureuse ballade. Liz est à deux doigts de révéler à Max la prédiction du Max du futur. Michael et Max se réconcilient.

C'est l'heure du bal de fin d'année pour nos amis, mais la situation est loin d'être simple. Lors d'une sortie en ville, Sean embrasse Liz et elle ne sait plus trop oû elle en est. Malgré tout, Max et Liz décident d'aller ensemble au bal mais seulement en tant qu'amis, Michael refuse de s'y rendre avec Maria prétextant avoir d'autre chose plus importantes à faire. Refusant une première fois sa proposition, Alex est contraint d'accepter celle d'Isabel qui est maintenant consciente de son amour pour lui. Malgré une certaine tension sexuelle, Tess et Kyle acceptent d'y aller ensemble également. S'infiltrant par effraction dans l'appartement de Michael, Liz et Maria découvrent un papier sur lequel sont écrits les coordonnées d'une certaine Juanita. Maria est persuadée que Michael la trompe. De son côté, Liz surprend Max dans les bras de Tess, qui veut juste l'aider à retrouver ses souvenirs. La soirée venue, la bande se réunit au Crashdown et fait le point sur les tribulations amoureuses du groupe. La soirée démarre au lycéen relooké pour l'occasion, Liz confie son mal-être depuis le début de l'année à Max et décide de rompre définitivement. Elle ne veut plus avoir à affronter la concurrence avec Tess. Kyle se rend compte qu'il considère Tess comme sa soeur. Michael débarque au bal et avoue que Juanita n'était que sa prof de danse. Isabel révèle son amour pour Alex et ils finissent par séembrasser tendrement. Démoralisé, Max s'isole sur un banc du lycée et Tess vient le consoler. Se souvenant de leur premier baiser, Max embrasse Tess. Liz assiste à la scène et sort du lycée en courant. Elle finit la soirée avec Sean au bowling.

Isabel et Alex sont de nouveau ensemble mais Liz et Maria lui conseillent de se faire désirer pour attiser la flamme qui anime la demoiselle. Seul dans son appartement, Alex a soudainement une attitude étrange, empreinte de mélancolie et de pessimisme. Il exprime sa dépression au livreur de pizza puis se fixe sur une photo de lui et Leanna, son amie suédoise. Le soir venu, Valenti arrive sur les traces d'un accident de la route et c'est sur son corps ensanglanté qu'il tombe... Alex est mort, et tout le groupe est éffondré. A la morgue, Max tente de le ramener à la vie mais échoue. La douleur d'Isabel est tellement plus intense qu'elle finit par rêver de lui, avant de retourner à la triste réalité. Le conducteur de l'autre véhicule prétend qu'il ne s'agit pas d'un accident, ni d'un homicide involontaire, mais qu'Alex a délibérément projeté sa voiture sur le sienne. Les hommages à son encontre sont plutot variés, notamment un Memorial sur la pelouse d'un stade, des reconnaissances de personnes qui ne connaissaient même pas le victime. Aux funérailles, Maria chante a cappella en honneur de son ami fidèle et les garçons portent le cercueil. Des doutes s'installent et le shérif Valenti confie à Max qu'Alex pourrait bien s'être suicidé, supposition qui ne plaît pas du tout à Liz, qui s'introduit dans la chambre d'Alex à la recherche d'indices et trouve dans un livres deux places de concerts achetés le jour de sa mort pour Isabel et lui. Elle prouve à la bande qu'il ne s'agit pas d'un suicide mais d'un assassinat mais personne ne croît à son hypothèse et une violente dispute éclate. Au Crashdown, Liz trie des photos d'Alex et finit par s'écrouler en larmes. C'est alors que Jerry, le livreur de pizza, lui apporte de nouveaux éléments: un reçu d'Alex avec sa signature codée en language binaire. Liz reconnaît le code contenu dans le livre oû elle a trouvé les places.

Au moment de retirer les nouveaux mails d'Alex, Liz et Maria tombent sur une fenêtre de dialogue affichant: "Leanna n'est pas Leanna". Liz est convaincu que Leanna, la blonde de la photo, est une extraterrestre et qu'elle a tué Alex. Selon elle, tout a commencé en Suède car le message datait du 16. Pendant que l'enquête avance à petits pas, Isabel confie à la bande qu'elle quitera la ville à l'issu de l'année scolaire. De son côté, Maria tente de monter un projer en l'honneur d'Alex mais Liz la laisse tomber au dernier moment. Michael lui porte alors son soutien. Liz et Sean s'introduisent en douce dans le lycée pour accéder au dossier d'Alex, mais se font prendre. Max prdonne à Liz d'arrêter son enquête car elle pourrait nuire à Max, Tess, Isabel et Michael mais elle ne veut rien entendre. Elle poursuit ses recherches sur les Olsen, la famille d'accueil d'Alex en Suède, mais lorsqu'elle appelle le numéro qu'elle avait, on lui répond qu'ils n'habitent plus là-bas. Aucune indication n'a pu lui être donnée, même le fleuriste d'oû ils avaient envoyé leurs condoléances. Max demande à Michael de l'aider à retenir sa soeur mais rien n'y fait. Isabel annonce à Max qu'elle partira pour l'université de San Francosco. En désespoir de cause, Max menace sa soeur qui affiche un mépris total. Isabel Evans a définitivement changé depuis la mort de son petit ami et refus à présent de suivre les ordres de son chef. Le groupe est en train de s'éffondrer et Max perd son calme. Alors que Liz s'apprête à partir pour la Suède pour continuer son enquête, Max va la chercher en cours de route et tente de l'empêcher de partir... en vain. A l'observatoire de la ville, le jeune homme confie son désespoir à Tess et ils se rapprochent. Ils finissent par faire l'amour passionément alors que Liz reçoit un coup de téléphone de l'ambassade de Suède lui apprenant que le bâtiment situé sur une photo d'Alex a été détruit il y a plus de 7 ans. Liz en vient à la conclusion qu'Alex n'est jamais allé en Suède.

Liz fait part à Maria de sa découverte, à savoir que la photo d'Alex et Leanna a été trafiquée et que Leanna serait la responsable du décès, d'une manière ou d'une autre. Le groupe est en plein éclatement... Isabel n'a plus rien à faire de la vie de Max et ne lui a pas pardonné son attitude autoritaire. Max ne sait plus oû il en est par rapport à Tess mais décide quand même de ne pas cacher leur relation, tandis que Michael reste de plus en plus à l'écart. Kyle incite Isabel à se distraire un peu en se vengeant sournoisement de Max, un jeu qui finit rapidement par ne plus l'amuser. Tess avoue à Max qu'elle est enceinte et qu'elle a besoin de lui dans cet épreuve. Liz essaie de se renseigner auprès de Tess sur la façon dont elle peut contrôler les esprits des gens mais Max en vient à s'imaginer que Tess est suspectée et réagit très agressivement. Liz est profondément affecté par la réaction de Max mais, avec l'aide de Maria, elle part à Las Cruses pour trouver Leanna. Arrivées sur place, elles fouillent une chambre vide supposée être celle d'Alex mais le colocataire donne le nom de Ray, personnage étrange qui restait constamment cloitré dans sa chambre. Les filles tombent par hasard sur Leanna lors du concert de Nelly Firtado sur le campus et tentent de l'approcher mais la suspecte part en courant. Michael les rejoint pour leur assurer une protection et ensemble ils apprenent qu'Alex tentait de décoder quelque chose de vraiment important. De plus, ils découvrent que la prétendue Leanna est en fait connue sous les traits de Jennifer Coleman, et que ce qu'a traduit Alex, c'est finalement le livre de la destinée des extraterrestres. Une piste les mène à une maison abandonnée, et essuyant une tentative de meurtre, ils mettront la main sur la traduction et un bâton en cristal que le Max du futur avait utilisé pour activer le granilith. Tess de son côté décide de garder son enfant mais Max a un peu de mal à encaisser ses responsabilités de père. En touchant le ventre de Tess, il s'aperçoit que c'est un garçon mais que le bébé mourra car il ne peut pas supporter l'atmosphère terrestre. Isabel retrouve son frère effondré dans les poubelles et ils se reconcilient. Michael leur montre la traduction du livre qui contient le mode d'emploi pour rentrer chez eux.