Comme tous les ans, la ville de Roswell organise un week-end de camping entre les pères et leurs enfants. Isabel et Max décident d'y participer afin d'étudier, sans éveiller les soupçons, les phénomènes mystérieux qui ont été observé dans les bois. Le shérif Valenti participe aussi au week-end afin de surveiller les adolescents, et son fils Kyle lui reproche de le délaisser au profit de ses enquêtes. Les aliens découvrent un symbole extraterrestre lumineux dans les bois et échappent une nouvelle fois à Valenti.

A l'occasion d'une convention extraterrestre à Roswell, le shérif retrouve Everett Hubble, l'homme qui a ruiné la carrière de son père. Max s'intéresse à Hubble, qui a passé sa vie à chasser les aliens, sans savoir que ce dernier veut à tout prix tuer l'extraterrestre responsable de la mort de sa femme. Hubble attire Max sur les lieux du crime, convaincu qu'il est l'alien en question. Le shérif Valenti intervient et abat Hubble, sauvant ainsi Max.

Liz remporte un concours et se voit offrir le rendez-vous galant de ses rêves avec un jeune homme supposé correspondre à ses goûts. Jaloux, Max accepte de boire de l'alcool pour la première fois sous la pression de Kyle. Les effets sont dévastateurs sur le jeune alien qui est immédiatement ivre et oublie ses bonnes résolutions concernant Liz. Il enlève la jeune femme et lui avoue ses sentiments. Mais une fois les effets de l'alcool dissipés Max reprend son sérieux. Pendant ce temps, Michael et Isabel envoient un signal pour contacter Nasedo.

Michael est battu par Hank, son père adoptif, mais refuse l'aide de Max et Isabel. Il va loger un temps chez leurs parents, mais apprécie peu leur vie de famille. Maria se tient devant sa fenêtre en pensant à Michael lorsqu'elle l'aperçoit sous la pluie, attendant qu'elle le fasse entrer. Ils passent la nuit ensemble mais Michael est chassé au petit matin par la mère de la jeune fille. Il décide alors de quitter Roswell pour partir à la recherche de Nasedo, au grand désespoir de Max et Isabel. Une fois sur la route, il chande finalement d'avis et revient en ville. Grâce à l'aide de M. Evans, il est émancipé et peut désormais vivre seul. Le père adoptif de Michael vient, quant à lui, annoncer au shérif qu'il quitte Roswell. Il s'agit en fait de Nasedo: l'alien a pris l'apparence de Hank après l'avoir assassiné.

Liz et Max finissent par succomber à leur attirance mutuelle. En embrassant Max, la jeune femme a des visions de l'espace, pui du site du crash de 1947. Michael les pousse à faire l'amour en espérant que les visions de Liz lui permettront d'en apprendre plus sur le passé des aliens. Mais, une fois seuls dans le désert, Liz et Max découvrent un curieux galet recouvert d'un symbole extraterrestre lumineux. Parallèlement, Michael et Maria reprennent leur relation, et Isabel et Alex s'embrassent pour la première fois.

L'agent Topolsky revient à Roswell avec des informations inquiétantes. Elle affirme que les aliens de Roswell sont en danger, et tente de persuader Max et Michael de lui faire confiance. Elle leur explique que l'unité de chasseurs d'extraterrestres du FBI, dirigée par l'agent Pierce, est sur leur piste, et qu'ils ne reculeront devant rien pour arriver à leurs fins. Topolsky assure qu'elle ne fait plus partie de l'unité; mais Max se méfie d'elle. En revanche, Michael se laisse convaincre et accepte de la retrouver en secret.

Max ressent une attraction inexplicable pour Tess, une nouvelle élève du lycée, qui s'est liée d'amitié avec Isabel. Il finit par l'embrasser, et comme avec Liz, il a aussitôt des visions. En voyant Max et Tess ensemble, Liz se sent trahie. Mais, elle se range à l'avis de Max, Michael et Isabel, qui soupçonnent Tess de ne pas être ce qu'elle prétend. Le petit groupe décide alors de la surveiller de près grâce à une mini caméra que Liz dissimule dans la maison de Tess. Pendant ce temps, Valenti apprend le meurtre de l'agent Topolsky et commence à comprendre que toutes les personnes proches des aliens sont en danger.

Max, Michael et Isabel sont persuadés que Tess est Nasedo, le quatrième extraterrestre. Ils décident donc de la surveiller. Ils la surprennent en train de prendre un livre caché à la bibliotèque, écrit dans la langue des extraterrestre. Parallèlement, Michael et Isabel commencent à faire des rêves érotiques oû ils se voient ensemble. Troublés, ils refusent néanmoins de céder à leurs pulsions et se rapprochent respectivement de Maria et d'Alex.

Grâce à Tess, Max retrouve la grotte contenant les cocons d'oû les aliens sont sortis. Le livre de Tess révèle que les aliens ont été conçus pour remplir une mission précise. La jeune fille lui explique également que Nasedo est un alien d'une autre race que la leur, chargé de les protéger. Il est capable de changer d'apparence, c'est d'ailleur ce qu'il fait en prenant celle de Max pour entraîner Liz dans une fête foraine. Il veut se livrer au FBI pour éviter à Max d'être découvert mais c'est le vrai Max qui est kidnappé par l'agent Pierce.

Capturé par l'agent Pierce, Max est retenu prisonnier dans une mystérieuse pièce blanche. Au Crashdown, Liz et les extraterrestres annoncent la mauvaise nouvelle à Maria et Alex. Tandis qu'Isabel tente d'entrer en contact avec son frère par la télépathie, le shérif Valenti propose son aide pour retrouver Max. De leur côté, les 3 aliens se lançent au secours de Max, aidés par Nasedo et le shérif Valenti qui n'apprécie pas les méthodes de Pierce.

Ils parviennent à délivrer Max, mais la tranquilité est loin d'être acquise. Michael utilise ses pouvoirs, sous le regard incrédule du shérif Valenti, pour sauver Max des mains de Pierce. Kyle reçoit une balle que son père destinait à Pierce, mais Max lui sauve la vie. Michael s'aperçoit qu'il possède des pouvoirs meurtriers et décide alors de rompre avec Maria afin de la protéger. Dans la grotte des incubateurs, Max, Isabel, Michael et Tess activent les pierres de communications , bien que Nasedo leur ait dit qu'elles risquaient de signaler leurs présences à des enemis potentiels. Les pierres délivrent un message de la véritable mère de Max et d'Isabel: les 4 aliens ont péri en défendant leur planète. Max était le leader, Tess, sa fiancée, Isabel, sa soeur, et Michael, son bras droit. Mais leurs essences ont été clonées puis mélangées à des gènes humains afin d'être réactiveés sous la forme d'êtres humains sur Terre. Liz décide elle aussi de rompre avec Max lorsqu'elle découvre que sa destinée est déjà tracée. Sans le savoir, en utilisant les communicateurs, les aliens révèlent ainsi leur existence à des centaines d'autres aliens hostiles.

Un géologue découvre les os calcinés de l'agent Pierce. Michael est le premier suspect des investigations menées par Hanson et son équipe. Non seulement il souffre d'avoir ôté la vie de quelqu'un, mais il a aussi un nouvel enemi. Et lorsque que son couteau est retrouvé sur les lieux, le shérif est obligé de le mettre momentanément en prison bien qu'ils soient "amis" désormais. Seule Vanessa Withaker, la délégué du Congrès, est contre la fermeture de l'unité spéciale du FBI. Nasedi arrive chez Max en très mauvais état. Il lui annonce que les skins sont parmi eux! Max pose sa main sur sa poitrine mais rien ne se produit.

Pendant que ses amis s'amusent au Crashdown Cafe, Max court dans la ville, torse nu et anéanti. Il a une marque d'une main ensanglantée sur la poitrine. Il arrive au snack et leur annonce que Nasedo est mort. Liz prend son visage dans ses mains et remarque qu'il est blessé. Tess lui touche aussitôt le visage pour faire disparaître cette blessure. Nasedo est vraiment mort. Il a été tué par les "skins", Max doit devenir le leader qu'il est destiné à être. Déchiré entre ses sentiments pour Liz et pour Tess, il ne sait comment faire. Tess vient vivre chez les Valenti. Pendant ce temps, Courteney drague Michael sous les yeux de Maria! Mais lorsqu'elle se rend au toilette, elle s'elève de la peau et la jette. C'est une skin!

Isabel, apeurée, cherche désespérément Tess dans un immeuble assez peu rassurant. Elle la retrouve et elles s'enferment dans un pièce... la porte s'ouvre de l'extérieur. Isabel dit: "C'est vous ?"... Max a préparé une fête surprise à Isabel pour ses 18 ans. Déguisé en policier, Alex commence un super strip-tease pour Isa. Mais elle n'arrive guère à se réjouir, obsédée par des visions de Tess en danger. Elle en fait part à ses amis, et elle décide de partir à sa recherche avec Maria, bien que Max lui dise de ne pas le faire. Elle trouve ainsi un bout de peau se désintégrant près du restaurant Fred's. Tess a été enlevé par un skin, Vanessa Withaker. Cette dernière reconnaît avoir tué Nasedo, elle est à la recherche d'on objet appelé Granilith, mais Isabel n'en a jamais entendu parler. Withaker lui apprend alors les secrets de son passé alien: quand Isabel se nommait Vilandra, elle aurait trahi son frère et sa planète par amour pour le tyran Kivhar. Horrifiée, Isabel refuse de s'allier aux skins et finit par tuer Withaker. Après la bataille, elle préfère ne rien dire à Max des révélations sur son passé. Plus tard, elle découvre la Granilith caché dans la salle des incubateurs.

Ces derniers temps, Michael se montre de plus en plus désagréable avec son entourage (y compris Maria et Liz) et néglige ses études. Résultat: un professeur lui demande de réaliser une interview d'un vétéran de la Seconde Guerre Mondiale, Hal Carver, qui avait travaillé dans l'armée de l'air sur la base militaire de Roswell en 1947. Grâce à Hal, Michael apprend ce qui s'est réellement passé le soir du prétendu crash à travers une série de flash-backs. Hal raconte cette histoire à Michael puis décide de lui dire ce qu'il a vu dans les sacs. Il lui raconte qu'il y avait quatre foetus humains dans chacun des cocons, huit en tout. Hal explique à Michael sa frustration d'avoir vu tout ça et de ne pas être capable, au bout du compte, de les aider. Michael se tourne vers Hal et lui dit que c'est lui qui l'a sauvé. Michael présente ses excuses à Liz pour son comportement et emmène Maria auprès du Granilith pour lui prouver ses sentiments. Il lui apprend qu'il sait maintenant qu'il y a quatre autres extraterrestres comme eux quelque part.